Wśród tych śmiałków są jeszcze Ash, Misty i Brock, którym pomoc w dotarciu do celu oferuje Zespół R przebrany za wikingów. Sztorm niszczy łódź, którym płyną bohaterowie, ci jednak dzięki swoim Pokémonom dopływają na Nową Wyspę. Tam wita ich służąca zabierająca ich i troje trenerów, którzy dotarli na wyspę, przed oblicze gospodarza – Mewtwo. Zdejmuje on hipnozę z służącej będącą zaginioną , którą porwał i wykorzystał jej wiedzę medyczną do procesu klonowania. Nie potrzebujący Joy wyjawia, że zamierza sklonować Pokémony zwabionych tu trenerów, a następnie zabić wszystkich swoich „gości”. Chce zabić również ich Pokémony, które jego zdaniem zhańbiły się służeniem ludziom. Następnie wyzywa kolejno wszystkich trenerów na pojedynek, po czym bez trudu ich pokonuje.
Zgodnie z zapowiedzią Pokémony trenerów zostają uwięzione w specjalnych Poké ballach, a następnie sklonowane. Meowth Zespołu R jako jedyny unika porwania, ale za to zostaje mu wyrwane kilka włosów z ogona, przez co jego klon również powstaje. Wśród porwanych Pokémonów jest również Pikachu Asha. Jego trener rusza mu na ratunek. Chłopakowi z trudem udaje się zniszczyć maszynę klonującą oraz uwolnić wszystkie uwięzione stworki. Następnie Ash wraca z uwolnionymi Pokémonami i rzuca się na Mewtwo, który jednak bez trudu odrzuca go od siebie.