jego kandydatura na tę funkcję została jednogłośnie poparta przez wszystkie państwa reprezentowane w Europejskim Komitecie Ad Hoc ds. WADA (CAHAMA).

11 grudnia 2017 objął dotychczasowe stanowisko ministerialne w nowo utworzonym rządzie Mateusza Morawieckiego. Pełniąc funkcję ministra, był inicjatorem utworzenia Polskiej Agencji Antydopingowej (POLADA), uruchomienia rządowego programu „Klub” i programu team100 oraz reaktywacji programu „Szkolny Klub Sportowy” (SKS).

W 2018 został kandydatem na prezydenta Światowej Agencji Antydopingowej (WADA). 14 maja 2019 wybrano go na tę funkcję (z kadencją od 1 stycznia 2020). 7 listopada 2019 jego wybór został oficjalnie zatwierdzony; 15 listopada tego samego roku zakończył pełnienie funkcji ministra. W związku z objęciem funkcji prezydenta WADA zrezygnował z przynależności do partii Prawo i Sprawiedliwość.

Został także ambasadorem województwa śląskiego i Stadionu Śląskiego. Jego działalność w tym zakresie w 2020 stała się m.in. przedmiotem kontroli poselskiej. Witold Bańka wyjaśnił wówczas, że dodatkowa odpłatna działalność tego rodzaju nie narusza zasad ustalonych przez WADA.