Wigry są jednym z dwóch polskich jezior, w których sieja przystępuje do tarła (drugim jest jezioro Miedwie koło Stargardu).
W 1997 przeprowadzono badania malakologiczne jeziora. Oznaczono wówczas dwanaście gatunków i jeden podrodzaj ślimaków oraz trzy gatunki i jeden rodzaj małży. Najobficiej reprezentowane były: wodożytka nowozelandzka, zagrzebka pospolita, zatoczek białawy, zatoczek malutki i racicznica zmienna.
Brzegi jeziora mają w większości miejsc pierwotny charakter, niezmieniony przez człowieka. Są rajem dla zwierząt, w tym dla około 140 gatunków ptaków. Do południowego i wschodniego brzegu jeziora dochodzi Puszcza Augustowska, ciągnąca się daleko poza granice państwa, aż po Druskieniki i Grodno.
W celach ochrony gatunków cennych prowadzone są działania polegające na zwiększeniu liczebności dużych ryb drapieżnych (biomanipulacja). Ryby drapieżne takie jak szczupak zmniejszają liczebność ryb karpiowatych, skutkiem czego jest zmniejszenie presji na zooplankton, a w dalszej kolejności zmniejszenie zakwitów glonów planktonowych, przyczyniających się do powstania okresowych deficytów tlenu w profundalu.