Ostatni proboszcz katolicki w Słupsku ks. Wilhelm von Natzmer zrezygnował z pełnionej funkcji oraz wykorzystywania Kościoła Mariackiego i norbertańskiego kościoła klasztornego św. Mikołaja w listopadzie 1539. Od tego momentu Kościół Mariacki w Słupsku stał się wyłączną własnością parafii ewangelickiej.
W 1540 Rada Miejska powołała przy kościele Mariackim tzw. kolegium pamięci, które odtąd miało finansować działalność parafii ewangelickiej oraz szkoły. Środki na kolegium pochodziły z darowizn podczas wspominek zmarłych, fundacji oraz dochodów bractwa kolędowego, które odwiedzało domy mieszkańców śpiewając kolędy. Z tych wpływów proboszcz ewangelicki miał obowiązek utrzymywać także duchownych pozostających przy katolicyzmie.
Pomimo dominacji na terenie Słupska ludności niemieckiej starano się również otoczyć należytą opieką religijną miejscową ludność słowiańską, wprowadzając ich język w czynnościach duszpasterskich prowadzonych zarówno na terenie miasta, jak i okolicznych miejscowości. W 1545 w Słupsku powstała szkoła kształcąca duchownych i bakałarzy do prowadzenia nauczania w języku słowińskim. Nabożeństwa słowińskojęzyczne odbywały się w Słupsku do 1779.