Kilka miesięcy później doszło jednak do powstania przeciwko panowaniu Michała w Siedmiogrodzie, a w tym samym czasie na Mołdawię powrócił Jeremi Mohyła wraz z wojskami Jana Zamoyskiego. Polacy nie tylko odbili wówczas Mołdawię, ale także wkroczyli na Wołoszczyznę, gdzie osadzili Szymona Mohyłę na tronie hospodarskim, zgodnie z wcześniejszym planem.
Rządy Jeremiego w Mołdawii trwały jeszcze kilka lat, do jego śmierci w 1606. Był on wówczas faktyczną marionetką Zamoyskiego. Wspierał Szymona w jego staraniach o tron wołoski (po jego objęciu w 1600 został wkrótce usunięty i próbował nań powrócić), aby uczynić zadość interesom polskim w tym regionie. Został pochowany w monastyrze Sucevița, który ufundował wraz z bratem. Jego następcą został jego syn Konstantyn, który jednak bardzo szybko został usunięty z tronu przez Szymona.
Jeremi był blisko skoligacony z polskimi rodami magnackimi, jego zięciami byli m.in. Władysław Myszkowski, Michał Wiśniowiecki (ojciec Jeremiego Wiśniowieckiego), Samuel Korecki, Stefan Potocki, Mikołaj Firlej, Maksymilian Przerębski.