W tym okresie grupę okrętów Rozpoznawczych uznano za najlepszą jednostkę rozpoznawczą Sił Zbrojnych Rzeczypospolitej Polskiej (1998) oraz otrzymała Znak Honorowy Sił Zbrojnych Rzeczypospolitej Polskiej (2001). W 2002 roku kmdr Stanisław Zarychta objął stanowisko dowódcy 6 Ośrodka Radioelektronicznego w Gdyni, natomiast od 2004 roku był szefem Zarządu Rozpoznania i Walki Elektronicznej N2 Sztabu Marynarki Wojennej w Dowództwie Marynarki Wojennej. W 2005 roku kierowana przez niego komórka organizacyjna uzyskała tytuł Przodującego Zarządu Rozpoznania i Walki Elektronicznej Dowództw Rodzajów Sił Zbrojnych. 15 sierpnia 2007 roku został mianowany kontradmirałem i wyznaczony zastępcą szefa Zarządu Analiz Wywiadowczych i Rozpoznawczych P2 Sztabu Generalnego Wojska Polskiego. Od 26 maja 2008 roku pełnił obowiązki zastępcy dowódcy Centrum Szkolenia Sił Połączonych NATO w Bydgoszczy. Z dniem 15 sierpnia 2010 roku został wyznaczony na stanowisko dowódcy Centrum Operacji Morskich. Od 1 lipca 2013 r. zajmuje stanowisko Dowódcy Centrum Operacji Morskich – Dowódcy Komponentu Morskiego. W dniu 1 sierpnia tego samego roku Prezydent RP nadał kontradmirałowi Zarychcie stopień wiceadmirała.