29 czerwca 2009 r. zawarta została pomiędzy Województwem Podlaskim i Ministrem Kultury i Dziedzictwa Narodowego umowa o dofinansowanie Projektu „Budowa Opery i Filharmonii Podlaskiej – Europejskie Centrum Sztuki w Białymstoku”. Województwo Podlaskie uzyskało dofinansowanie z Programu Operacyjnego Infrastruktura i Środowisko, Priorytet XI Kultura i Dziedzictwo Kulturowe, działanie 11.2 Rozwój oraz poprawa stanu infrastruktury kultury o znaczeniu ponad regionalnym.
W ramach realizacji II etapu budowy zlecono między innymi wykonanie przewidzianych w projekcie prof. Marka Budzyńskiego elementów dekoracyjnych, tj.: dziesięciu rzeźb w sali głównej (autor Dominik Wdowski), rzeźby na dachu Opery (autorka Teresa Murak), obrazu na (autor Rafał Olbiński), odlewów szklanych (autor Tomasz Urbanowicz), organów (współautor projektu prof. Andrzej Chorosiński, wykonawca Zakłady Organowe Zych z Wołomina).
Ponadto, w gmachu Opery zamontowano nowoczesny system multimedialny umożliwiający między innymi projekcję wielkoformatową oraz bezpośrednią transmisję w Internecie wydarzeń artystycznych organizowanych w Operze.