Syn Stanisław najpierw był wychowywany przez siostrę i matkę, a w 1880 został zabrany na dalsze wychowanie przez szwagierkę, siostrę zmarłej żony – Joannę Stankiewiczową.
W 1882 Wyspiański zlikwidował pracownię mieszkając pokątnie w Tarnowie, Bochni i Krakowie (pod różnymi adresami). W wyniku interwencji Stankiewiczów 4 stycznia 1892 został umieszczony w Domu Ubogich im. Helclów, gdzie wegetował blisko 10 lat. Zmarł 10 listopada 1901. Jego grób na cmentarzu Rakowickim do dziś się nie zachował (kwatera IX 16, 31), zachowało się natomiast kilka fotografii oraz dwa portrety autorstwa Stanisława Wyspiańskiego: z przełomu 1894–1895 w Muzeum Narodowym w Warszawie oraz z 1900, będący własnością prywatną.
Powszechnie uważa się, że Franciszek Wyspiański zajmował się również fotografią, jednak zdaniem Wandy Mossakowskiej Franciszek Wyspiański – fotograf i Franciszek Wyspiański – rzeźbiarz to dwie różne osoby (choć być może istniało między nimi pokrewieństwo). Fotograf o tym imieniu i nazwisku w latach 60. XIX w. prowadził w Krakowie zakład fotograficzny, ponadto działał również w Krynicy, Szczawnicy i Nowym Sączu. Fotografował w swoim atelier aktora Wincentego Rapackiego, wykonywał również zdjęcia z widokami PieninW.