Kolejne lata, szczególnie po 1989 r., przyniosły zmiany w organizacji i finansowaniu nauki w Polsce. Były też okresem nowego, dynamicznego rozwoju Instytutu, przy jednoczesnych zmianach jego struktury i poszerzeniu zakresu prowadzonych badań.
Osoby związane z Instytutem
Władze Instytutu (2025): prof. dr hab. Agnieszka Dobrzyń (Dyrektor od 2018) dr hab. Krzysztof Nieznański, prof. nadzw. (I Z-ca Dyrektora ds. naukowych od 2018) dr hab. Monika Liguz-Lęcznar, prof. nadzw (II Z-ca Dyrektora ds. naukowych od 2018) mgr Renata Dębińska (Z-ca Dyrektora ds. Organizacyjnych i Rozwoju) prof. dr hab. Bożena Kamińska-Kaczmarek (Przewodnicząca Rady Naukowej).
W Instytucie Biologii Doświadczalnej pracowało wiele osób zasłużonych dla rozwoju nauki oraz Polski (część z nich została uhonorowana odznaczeniami). Poniżej wymieniono osoby pełniące funkcję dyrektora albo wicedyrektora Instytutu wraz z okresem sprawowania tych funkcji: Kazimierz Białaszewicz (1920–1925 i 1931–1933) Romuald Minkiewicz (1926–1931) Jan Dembowski (1933-1934 i 1948-1960; odznaczony Krzyżem Komandorskim z Gwiazdą Orderu Odrodzenia Polski) Mieczysław Bogucki (1934–1939) Włodzimierz Niemierko (1946–1967, odznaczony Krzyżem Komandorskim Orderu Odrodzenia Polski)