Marcin Tomasz Miłkowski (ur. 25 lutego 1976 w Warszawie) – polski filozof analityczny, profesor nadzwyczajny w Zakładzie Logiki i Kognitywistyki w Instytucie Filozofii i Socjologii PAN. Zajmuje się filozofią umysłu.
Ukończył studia filozoficzne na Uniwersytecie Warszawskim (2000). Tamże w 2005 obronił doktorat o Danielu Dennecie (promotor – Jacek Hołówka).
Wraz z Robertem Poczobutem zredagował antologię Analityczna metafizyka umysłu. Najnowsze kontrowersje (Wydawnictwo IFiS PAN, Warszawa 2008) oraz Przewodnik po filozofii umysłu (W.A.M., Kraków 2012). Zastępca redaktora naczelnego Przeglądu Filozoficzno-Literackiego. Habilitował się na podstawie książki Explaining the Computational Mind (MIT Press, Cambridge, Mass. 2013), która została nagrodzona nagrodą im. Tadeusza Kotarbińskiego. Laureat Nagrody Narodowego Centrum Nauki w roku 2014 w zakresie nauk humanistycznych, społecznych i o sztuce „za zaproponowanie oryginalnej wersji obliczeniowej teorii umysłu i jej obronę w monografii Explaining the computational mind wydanej przez prestiżowe wydawnictwo MIT Press”.