Po klęsce Francji, depeszą z 18 czerwca 1940 wódz naczelny i premier rządu RP na uchodźstwie gen. Władysław Sikorski mianował płk. Stefana Roweckiego zastępcą komendanta głównego ZWZ z prawem podejmowania samodzielnie pilnych decyzji w przypadku braku łączności z rządem, zaś 30 czerwca Komendantem Głównym, z równoczesnym ustanowieniem Komendy Głównej w kraju. Gen. Sikorski polecił także ścisłą współpracę z Głównym Komitetem Politycznym, który stanowili: Kazimierz Pużak („Bazyli”) – delegowany przez PPS, Aleksander Dębski („Stachurski”) – delegowany przez Stronnictwo Narodowe, Stefan Korboński („Nowak”) – delegowany przez Stronnictwo Ludowe i od maja 1940 Franciszek Kwieciński („Karwat”) – delegowany przez Stronnictwo Pracy. Sekretarzem GKP był emisariusz Jerzy Michalewski („Dokładny”). Rozkaz ten przekazywał władzę wojskową na terenie kraju w ręce oficerów będących w centrum wydarzeń i najlepiej zorientowanych w realiach okupacji.
Komenda Główna podlegała rządowi RP w Londynie uzyskując jednak większą samodzielność w kierowaniu całością życia Polskiego Państwa Podziemnego.