płk Zygmunt Bezeg „Longin” (od listopada 1940 do stycznia 1941), płk dypl. Stanisław Rostworowski „Rola” (od listopada 1940, faktycznie od stycznia 1941 do maja 1942), płk Franciszek Matuszczak „Dod”, „Ozyrys” (od maja 1942 do lutego 1945), kpt. Maria Gleb-Koszańska (od lutego 1945 do końca działania bazy w 1946) Baza Nr 2 „Bolek” w Rumunii – komendant płk Stanisław Rostworowski Baza Nr 3 „Anna” na Litwie (Kowno) – komendant od 20 stycznia 1940 ppłk. Tadeusz Rudnicki ps. „Wierzba” W styczniu 1940Dotarła do Warszawy w marcu 1940. Komendant Główny ZWZ swoją „Instrukcją nr 2" zarządził podział całego obszaru Polski na dwie części: okupację niemiecką – pod komendą płk. Stefana RoweckiegoPełnił równocześnie obowiązki komendanta Obszaru Nr 1. z siedzibą w Warszawie, okupację sowiecką – pod komendą gen. Michała Tokarzewskiego-KaraszewiczaPoczątkowo 'wyznaczony tylko na komendanta Obszaru Nr 3. z siedzibą we Lwowie. Były to okręgi, które dzieliły się na obwody, te zaś na placówki (odpowiednik gminy).
Najniższą komórką organizacyjną była 5-osobowa sekcja, kilka sekcji stanowiło pluton. Wyższych organizacyjnie jednostek nie przewidywano, choć plutony mogły się łączyć w celu przeprowadzenia akcji bojowej bądź ćwiczeń.