Pierwotnie trafiły one do Archiwum Głównego Akt Dawnych w Warszawie, na szczęście w kolejnych latach po wojnie były stopniowo zwracane do Płocka.
Na mocy zarządzenia Ministra Oświaty z 21 lipca 1950 archiwum przekształcono w powiatowy oddział wojewódzkiego archiwum państwowego dla województwa warszawskiego, którym było wówczas Archiwum Akt Nowych. Następnie dekretem z 29 marca 1951 r. w wyniku powołania do życia archiwów centralnych z siedzibą w Warszawie dokonano zmiany w strukturze i przemianowano nazwę archiwum na Powiatowe Archiwum Państwowe w Płocku. Jednak już kilka lat później na mocy zarządzenia nr 17 Naczelnego Dyrektora Archiwów Państwowych z 15 czerwca 1953 r. zostało zlikwidowane, a od 1 lipca zaczęło działać jako Oddział Terenowy Archiwum Wojewódzkiego w Warszawie. Archiwum wojewódzkim zostało wtedy Warszawskie Archiwum Miejskie wciągnięte do sieci archiwów państwowych na mocy zrządzenia nr 91 prezesa Rady Ministrów z 8 czerwca 1951 r. W zgodzie z tym zarządzeniem oddział terenowy w Płocku przejął zasób archiwum miejskiego w Płocku.