ponownie zbombardowano. 1817–1821 Ogólny remont dachów. Likwidacja sygnaturki z dachu prezbiterium i dzwonnicy z dachu nawy głównej oraz całego dawnego wyposażenia wnętrza z wyjątkiem organów. 1820 Gdański Garnizon Wojskowy przejmuje obiekt jako współużytkownik na okres 25 lat. 1823 likwidacja francuskiej (hugenockiej) parafii reformowanej. 1890–1900 Najpoważniejsze prace remontowe. Usunięcie tynków zewnętrznych. 1945 Podczas szturmu Armii Czerwonej na Gdańsk, kościół został zbombardowany, a później ponownie podpalony. Runęły wówczas konstrukcje dachowe prezbiterium, nawy południowej i częściowo nawy głównej. Oberwaniu uległa większość sklepień. Zburzone zostały trzy filary międzynawowe. lato 1945 r. zamurowanie otworów wejściowych; adaptacja zakrystii na kaplicę rzymskokatolicką bez podstawy i tytułu prawnego przez księży zmartwychwstańcówZ. Hynca, Kościół Św. Piotra i Pawła w Gdańsku, Gdańsk 2010, s. 35.. 1947 prawo do kościoła odzyskuje Kościół ewangelicko-reformowany, ale ze względu na obecność katolików zwleka z odbudową 1949 władze PRL odbierają kościół kalwinistom powołując się na zbyt wolne tempo odbudowy; 20 marca 1958 r.