Z relacji świadków wynika, że zginęło co najmniej kilka osób, które złamały ten zakaz. Na terenie bazy stale przebywało około 10–12 członków Ypatingasis būrys, którzy pełnili służbę wartowniczą. thumb|Ofiary z zasłoniętymi oczyma prowadzone na miejsce kaźni Ofiary były przywożone do Ponar pociągami i samochodami ciężarowymi lub gnane pieszo szosą „grodzieńką”. koleją przywożono na stracenie Żydów z Wilna i mniejszych miejscowości. Według świadków do Ponar kilkukrotnie miały także przybyć żydowskie transporty z Europy Zachodniej. Pociągi z polskimi Żydami liczyły zazwyczaj do 40 wagonów i przywoziły do 2,8 tys. ofiar. O wiele mniej liczne miały być transporty zagraniczne; z relacji świadków wynika, że liczyły około 8–9 wagonów. Pociągi zatrzymywały się na zapasowym torze bocznicy kolejowej, która znajdowała się nieopodal stacji Ponary. Tam Żydów wyprowadzano z wagonów, odbierano im bagaż, po czym pędzono pieszo lub zawożono samochodami ciężarowymi do ponarskiej „bazy”. samochodami ciężarowymi zazwyczaj wywożono na egzekucję więźniów z wileńskiego więzienia na Łukiszkach oraz z więzienia w Trokach.