Od samego początku w MLE zaznaczył się podział na dwie frakcje, który w późniejszym okresie przerodził się w poważny konflikt. Po jednej stronie stali anarchiści "umiarkowani", którzy opowiadali się za zachowaniem jedności antyfaszystowskiej i współpracą z republikańskim rządem Hiszpanii na uchodźstwie, a w późniejszym okresie za przerwaniem walki zbrojnej z reżimem gen. Franco, na rzecz odbudowy podziemnego ruchu anarchosyndykalistycznego w Hiszpanii. Na czele tej grupy stali m.in. Federica Montseny, Garcia Oliver i Germinal Egleas. Z drugiej strony działacze zbrojnego ruchu oporu i Iberyjskiej Federacji Młodzieży Wolnościowej, opowiadali się za zaprzestaniem "kolaboracjonistycznej polityki" z rządem republikańskim i kontynuowaniem akcji zbrojnych.
W związku z ugodowym stanowiskiem kierownictwa MLE, w marcu 1947 roku powstał MLR (Wolnościowy Ruch Oporu) – organizacja, która miała na celu oddzielenie działań propagandowych i organizacyjnych od walki zbrojnej. Idea wyszła ze strony środowisk na wygnaniu, ale kierownictwo MLE we Francji szybko się od niej odcięło.
Pod koniec 1947 roku odbył się drugi kongres MLE (ponownie w Paryżu), w którym uczestniczyli również delegaci, którzy przedostali się z Hiszpanii, m.in. działacze MLR Josep Facerias i Francisco Sabaté, którym odmówiono statusu delegatow.