Na przełomie lat 80. i 90. podjęto decyzję o całkowitej likwidacji Hrubieszowskiej Kolei Dojazdowej z powodu nierentowności, a także zniszczonego taboru i braku środków na jego naprawę. Wobec tego 28 kwietnia 1989 r. zamknięto odcinki Gozdów – Nieledew i Szpikołosy – Matcze, 8 maja 1991 r. zawieszono ruch na ostatnich czynnych odcinkach Werbkowice – Hrubieszów – Strzyżów, Gozdów – Nieledew oraz Dziekanów – Szpikołosy, natomiast już 17 maja postanowiono je zlikwidować całkowicie, niedługo potem rozpoczęto rozbiórkę torów. Przedstawicielom Towarzystwa Miłośników Kolei, 27 listopada 1992 r. udało się odcinek kolei Hrubieszów – Werbkowice wraz z układem przestrzennym wpisać na listę zabytków (nr A/502). 12 lipca 1993 grupa miłośników kolei zorganizowała specjalny przejazd na trasie Hrubieszów – Werbkowice. We wrześniu 1993 rozebrano odcinek Dziekanów – Husynne, a następnie Hrubieszów – Dziekanów. Resztki taboru znajdujące się na stacji Hrubieszów Wąskotorowy w składzie lokomotywa Lxd2–335 i wagon silnikowy Dkd – 603 zostały przetransportowane do Werbkowic 16 października 1993 r. (ostatecznie trafiły do Przeworska), co do dziś pozostaje ostatnim przejazdem pociągu po torach HKD. Od tego czasu tory zarosły dziką roślinnością, zaś budynki oraz sprzęt kolejowy zostały zniszczone lub przeznaczone do innych celów, np.