Pierwsze anarchistyczne grupy partyzantów powstały już w ostatniej fazie wojny domowej, na terenach wiejskich. Pierwsza faza walki partyzanckiej trwała od 1939 do 1944 roku. W tym okresie prowadzone były akcje przeciwko mniejszym oddziałom frankistowskim oraz działania tzw. małego sabotażu. Walki partyzanckie toczyły się głównie w rejonie Kordowy i Grenady. Najbardziej znane grupy anarchistyczne z tego okręgu to: grupa braci Munoz zwana „Los Jubilez”; oddział Francisco Corchado Silveira (pseudonim Lazarete); grupa pod dowództwem Perico (pseudonim El Manco); grupa dowodzona przez człowieka o przydomku El Portugue; grupa Manuela Fernandeza (pseudonim El Secretario) oraz Norberta Castillejo Jimenez’a (pseudonim Veneno)Antonio Tellez „On the guerilla struggle against Franco” w: Polemica nr 78.
Inne rejony aktywnej działalności to: Andaluzja (wokół górskich rejonów Ronda, Betica i Penibetica); od wyżyn Cuenca aż do granicy francuskiej przy Huesca wraz z dużą częścią prowincji Teruel; Sierra de Guadarrama i Sierra de Gredos otaczające prowincje Madryt, Segowia i Ávila, wzgórza wokół Toledo; Sierra Morena poprzez prowincję Badajoz, od Huelva na zachodzie do Albacete na wschodzie;