Po utworzeniu ELSO funkcjonowało ono równolegle do istniejących państwowych i międzynarodowych struktur naukowych. Między innymi każdego roku w jednym z miast europejskich była organizowana w ramach ELSO konferencja, służąca jako międzynarodowa platforma komunikacyjna, w celu integracji i promocji nauki oraz naukowców, niezależnie od interesów danych państw. W zamierzeniu organizacja miała stymulować rozwój nauki, także poprzez promowanie społecznego zrozumienia celów i zagadnień naukowych. Ważnym elementem było umożliwienie krytycznego spojrzenia na wkład nauki i jego implikacje dla społeczeństwa. Na każdej konferencji odbywały się panele dyskusyjne i serie wykładów oraz referatów tematycznych oraz sesja posterowa.
Struktura władz Przewodniczącego organizacji wybierał komitet nominujący. W skład ostatniego komitetu weszli: Paul Nurse (Uniwersytet Rockefellera, Nowy Jork) - przewodniczący komitetu; Julio Celis (Inst. of Medical Biochemistry, Aarhus); Riccardo Cortese (IRBM, Pomezia (Rzym)); Frank Gannon (EMBO, Heidelberg); Daniel Louvard (Instytut Curie, Paryż); Christiane Nüsslein-Volhard (Max Planck Institute for Developmental Biology, Tybinga); Maya Simionescu (Inst. of Cell Biol.