Budynki SGH nie ucierpiały w czasie obrony Warszawy we wrześniu 1939 roku. Po kapitulacji miasta okupacyjne władze niemieckie początkowo wyraziły zgodę na wznowienie działalności przez uczelnię, jednak szybko ją cofnęły. W listopadzie 1939 budynek przy ul. Rakowieckiej 24 zajęło wojsko niemieckie, a w czerwcu 1940 znajdujący się obok budynek mieszkalny SGH przejęło SS. W tym samym roku uzyskano koncesję na prowadzenie jednorocznej szkoły handlowej, od 1941 działającej pod nazwą Miejskiej Szkoły Handlowej. Prowadzono w niej konspiracyjne zajęcia ze wszystkich lat studiów. Słuchaczami szkoły było ok. 900 osób.
Wiosną 1945 SGH jako jedna z pierwszych warszawskich uczelni wznowiła działalność dydaktyczną. Z powodu spalenia przez Niemców budynku przy ul. Rakowieckiej 24 zajęcia dla 150 studentów odbywały się w ocalałym budynku biblioteki. W lipcu uruchomiono oddział w Łodzi, przekształcony w Wyższą Szkołę Ekonomiczną, a następnie w Wydział Ekonomiczny Uniwersytetu Łódzkiego.