Obie kary mogły być zdjęte.
W wydanych w 1234 roku Dekretałach Grzegorza IX pojęcie ekskomuniki i anatemy zostało zrównane. Według Grzegorza IX anatema jest uroczystym nałożeniem ekskomuniki przez biskupa, przy jednoczesnym stwierdzeniu braku poprawy, a pojęcie ekskomunika oznacza wymierzenie ekskomuniki większej (ferendae sententiae).
Rozróżnienia między ekskomuniką a anatemą nie wprowadził również Sobór trydencki, który posługiwał się tymi terminami na określenie kary wyłączającej ze współuczestnictwa z wiernymi.
Wprowadzony w 1917 roku kodeks prawa kanonicznego w kanonie 2257 § 1 określił ekskomunikę jako "cenzurę, która wyłączała ochrzczonego ze wspólnoty wiernych i sprowadzała skutki określone prawem", natomiast terminem anatema posługiwał się w przypadku, gdy chodziło o ekskomunikę wymierzoną według przepisów Pontyfikału Rzymskiego.
Podstawa biblijna Podstawą ekskomuniki jako wykluczenia ze wspólnoty i konsekwencji z tym związanych jest przekaz biblijny, według którego Jezus przedstawia sposób postępowania przy wzajemnym upominaniu. Brak właściwej reakcji na upomnienie pociąga za sobą wiążącą konsekwencję wykluczenia.