2 lutego 2009 Krzynówek przeszedł do Hannover 96, zawierając z tym klubem kontrakt obowiązujący do końca lipca 2010. Mimo że wiosną nie był już piłkarzem klubu z Wolfsburgu, przyznano mu medal za zdobycie mistrzostwa Niemiec. W tym samym roku po porażce ze Słowenią 0:3 w eliminacjach do Mundialu 2010 zakończył reprezentacyjną karierę. W ostatnim swoim oficjalnym meczu wystąpił w listopadzie 2009 roku przeciwko Bayernowi Monachium, grając przez ostatnie 12 minut spotkania. W roku 2010 Krzynówek zmagał się z długotrwałą kontuzją kolana, przez co wiosną 2010 nie zagrał ani razu. 21 lipca 2010 roku media podały, za stroną internetową hanowerskiego klubu, fałszywą informację o zakończeniu kariery zawodniczej przez Jacka Krzynówka. Piłkarz ogłosił jednak, że jest w trakcie poszukiwania nowego klubu.
15 sierpnia 2011 roku piłkarz oficjalnie ogłosił koniec kariery piłkarskiej. Pożegnalny mecz rozegrał 11 maja 2012 roku w Radomsku. Jego zespół pokonał dawny RKS Radomsko 8:3 (w tym meczu Krzynówek strzelił bramkę z karnego).
Od 1 lipca 2015 do 31 maja 2016 pełnił funkcję Dyrektora ds. Sportowych w GKS Bełchatów.