Polityka prześladowań monofizytyzmu ze strony Konstantynopola również nie rozwiązała sprawy, gdyż w obliczu najazdów arabskich w VII wieku jego zwolennicy popierali najeźdźców, co godziło w jedność państwa. Nieudana próba kompromisu, podjęta przez cesarza Herakliusza, wywołała nowe spory doktrynalne, które spowodowały pojawienie się doktryny monoteletyzmu.
Monofizytyzm jest uznawany przez Kościoły przedchalcedońskie należące do dwóch grup: syryjskiej, założonej przez Jakuba Baradajosa w VI wieku. Należą do niej Syryjski Kościół Ortodoksyjny, Syriacki Jakobicki Kościół Indii i Malankarski Kościół Ortodoksyjny, egipskiej, zrzeszającej Koptyjski Kościół Ortodoksyjny, Etiopski Kościół Ortodoksyjny i Erytrejski Kościół Ortodoksyjny.
Przez wiele wieków zarówno w publikacjach katolickich, jak i prawosławnych twierdzono, że również Apostolski Kościół Ormiański uznaje monofizytyzm. Jednakże Ormianie sami temu zaprzeczają co najmniej od XIII wieku, stwierdzając, że wyznają taką samą wiarę, jak kościoły postchalcedońskie, jedynie inaczej sformułowaną, gdyż Apostolski Kościół Ormiański nie uczestniczył w soborze chalcedońskim.