miejsce Zenitu), ale już w 2006 roku ponownie stał się zawodnikiem pierwszej jedenastki klubu z Petersburga i wspomógł go w walce o 4. miejsce w rozgrywkach ligowych. W 2007 roku wywalczył z Zenitem pierwsze w historii klubu mistrzostwo Rosji. Natomiast 2008 roku zdobył z tym klubem Puchar UEFA, a następnie także Superpuchar Europy.
W 2010 roku Šírl odszedł z Zenitu i wrócił do Czech. Został piłkarzem FK Mladá Boleslav. Karierę kończył w 2016 w Bohemiansie.
Sezon Klub Kraj Rozgrywki Mecze Bramki 2000/01 Bohemians 1905
Gambrinus Liga 19 1 2001/02 Sparta Praga
Gambrinus Liga 1 0 2001/02 Bohemians 1905
Gambrinus Liga 18 2 2002/03 Bohemians 1905
Gambrinus Liga 11 1 2003 Zenit Petersburg
Priemjer-Liga 18 1 2004 Zenit Petersburg
Priemjer-Liga 10 1 2005 Zenit Petersburg
Priemjer-Liga 14 1 2006 Zenit Petersburg
Priemjer-Liga 24 2 2007 Zenit Petersburg
Priemjer-Liga 22 1 2008 Zenit Petersburg
Priemjer-Liga 26 0 2009 Zenit Petersburg
Priemjer-Liga 17 0 2010 Zenit Petersburg
Priemjer-Liga 0 0 2010/11 FK Mladá Boleslav
Gambrinus Liga 14 0 2011/12 FK Mladá Boleslav
Gambrinus Liga 24 0 2012/13 FK Mladá Boleslav
Gambrinus Liga 12 0 2013/14 Bohemians 1905
Gambrinus Liga 11 1 2014/15 Bohemians 1905
Gambrinus Liga 24 0