Fabuła Byakuya początkowo pełni rolę głównego antagonisty. Pierwszy raz pojawia się wraz ze swoim zastępcą Renjim w celu aresztowania Rukii i sprowadzenia jej do Soul Society. Ściera się wówczas po raz pierwszy z Ichigo, śmiertelnie go raniąc. Niezamierzenie doprowadza do zdobycia przez niego mocy hollowa oraz odkrycia osiągnięcia formy shikai przez Zangetsu. Po ataku Ichigo na Soul Society dochodzi do kolejnych starć z Ichigo oraz Renjim, które ostatecznie kończą się jego porażką. Upór Ichigo doprowadza w końcu do zmiany światopoglądu przez Byakuyę, który jest mu wdzięczny za wszystko co zrobił dla niego, Rukii i całego Soul Society.
Gdy Orihime staje się celem arrancarów potajemnie umożliwia Rukii i Renjiemu powrót do świata ludzi. Gdy wraz z Ichigo, Ishidą i Chadem udają się do Hueco Mundo, Byakuya zostaje poinformowany o ich zniknięciu i zarządzonych poszukiwaniach. Wraz z Hanatarō Yamadą wyrusza do Las Noches, w samą porę, by uratować Rukię z rąk Séptima Espada – Zommariego Rureaux, którego po ciężkiej walce i rozpracowaniu jego specjalnej umiejętności, miażdży swoim bankai. Espada przeżywa jednak atak i próbuje ponownie zaatakować Byakuyę, który efektywnie broni się i zabija przeciwnika, karząc go za atak na jego "dumę", czyli Rukię. Następnie zostawia rannych Rukię i Hanatarō pod opieką zastępcy dowódcy medycznej 4.