Historia Fundamenta Mathematicae było pierwszym specjalistycznym czasopismem matematycznym początkowo poświęconym wyłącznie teorii mnogości i jej zastosowaniom. Idea utworzenia czasopisma naukowo-badawczego o zakresie ograniczonym do jednej lub kilku dziedzin matematyki była sformułowana przez Zygmunta Janiszewskiego w 1918 na łamach periodyku „Nauka Polska”. Założycielami nowego pisma byli Janiszewski, Mazurkiewicz i Sierpiński, którzy zdefiniowali je jako poświęcone teorii mnogości i jej zastosowań oraz powiązanych problemów oraz publikowaniu artykułów w językach używanych na forach międzynarodowych.
Pierwszy numer pisma ukazał się w 1920 i jest uznawany za inaugurację polskiej szkoły matematycznej. Tom ten zawierał artykuły napisane (w języku francuskim) przez polskich matematyków: Banacha, Janiszewskiego, Kuratowskiego, Mazurkiewicza, Ruziewicza, Sierpińskiego, Steinhausa oraz Wilkosza.
Janiszewski zmarł przed ukazaniem się pierwszego tomu i redaktorami pierwszych tomów byli Mazurkiewicz i Sierpiński. Do 1928 współpracowali z nimi Stanisław Leśniewski i Jan Łukasiewicz, a od 1928 Kazimierz Kuratowski pełnił funkcję sekretarza redakcji.