Dwanaście miesięcy później nowo otwarty stadion klubowy został zamknięty na pół roku, po tym jak spalono hiszpańską flagę, a hymn hiszpański wykonywany przez angielską orkiestrę został zagłuszony gwizdami kibiców, którzy zrewanżowali się funkcjonariuszom policji bijących fanów przed stadionem. Joan Gamper został oskarżony o dowodzenie spiskiem, w związku z czym musiał opuścić Hiszpanię i wyjechał do swojego rodzinnego kraju – Szwajcarii. Po powrocie nie brał już aktywnego udziału w życiu klubu.
Podczas prezesury Arcadiego Balaguera, klub sięgnął dwukrotnie po Puchar Króla Hiszpanii – w sezonach 1925/26 (2:0 z Arenas de Guecho) i 1927/28 (3:2 po dogrywce z Atlético Madryt), trzykrotnie triumfował w Campionat de Catalunya (który zastąpił Puchar Macaya) w sezonach 1925/26, 1926/1927 i 1927/1928 oraz wygrał pierwszą edycję hiszpańskich rozgrywek ligowych, które zostały zainaugurowane 10 lutego 1929 r. FC Barcelona wygrała zarówno mecz w pierwszej kolejce rozgrywek 12 lutego 1929 r. przeciwko Real Racing Club na wyjeździe (2:0), jak i ostatni – u siebie 4:1 z Real Union Club Irun 23 czerwca 1929 r. Dzięki temu zwycięstwu Barcelona zepchnęła rywala ze stolicy, Real Madryt, na drugą pozycję w tabeli. Kataloński klub strzelił w pierwszym sezonie ligowym 37 bramek, a stracił dwie.