Komisja przejęła władzę w Krakowie 31 października 1918.
Komisja odmówiła podporządkowania się Radzie Regencyjnej Królestwa Polskiego, która powołała Witolda Czartoryskiego na stanowisko Komisarza Generalnego Polskiego Rządu dla Galicji i polskiej części ŚląskaMonitor Polski numer 191 z 2 listopada 1918.
Polska Komisja Likwidacyjna, wraz z lwowskim Tymczasowym Komitetem Rządzącym, została zniesiona dekretem Naczelnika Państwa z 10 stycznia 1919Artykuł 9 Statutu Komisji Rządzącej dla Galicji i Śląska Cieszyńskiego oraz Górnej Orawy i Spiżu ()., a oba te organy zastąpiła Komisja Rządząca dla Galicji, Śląska Cieszyńskiego, Spisza i Orawy. W marcu Komisję zastąpił Generalny Delegat RząduRozporządzenie Rady Ministrów z 7 marca 1919 w przedmiocie administracji państwowej Galicji (Dziennik Ustaw 1919 numer 24 pozycja 240).
W lutym 1919 Polska Komisja Likwidacyjna wydała serię 11 znaczków pocztowych (numery katalogowe 55–65), które pozostawały w obiegu pocztowym do 31 maja 1919.