Składają się na nią morenowe wzgórza zbudowane z gliniastych piasków i obniżenia z torfowiskami.
Boczki znajdują się w centralnej części Puszczy Rominckiej, a ich roślinność to głównie borealna świerczyna na torfie i grąd subkontynentalny. Ten pierwszy zespół jest zdominowany przez świerka z domieszką sosny, brzozy i osiki, a drugi zdominowany przez lipę z domieszką grabu, klonu zwyczajnego, wiązu górskiego i świerka. Kompleksy świerka i grabu tworzą starodrzew. Mniejsze płaty tworzą łęg jesionowo-wiązowy, łęg jesionowo-olszowy, ols i kontynentalny bór mieszany, a także bór bagienny i torfowiska.
W rezerwacie stwierdzono około dwustu gatunków roślin. Znajduje się tu jedno z nielicznych polskich stanowisk manny litewskiej. Z rzadkich roślin naczyniowych w rezerwacie występują czosnek niedźwiedzi, wawrzynek wilczełyko, żywiec cebulkowy, rosiczka okrągłolistna, bagno zwyczajne, pióropusznik strusi, przetacznik górski, orlik pospolity, podkolan biały, kopytnik pospolity, marzanka wonna, porzeczka czarna, czermień błotna, kokorycz pusta.