Wyposażenia dopełniały drewniane stalle, świeczniki i dywany.
Ubóstwo obecnego wyposażenia nie daje też w pełni pojęcia o pierwotnym programie treściowym kaplicy Tomickiego.Kasetonowa kopuła podtrzymywana przez żagielki z herbowymi tarczami symbolizowała niebo. Element heraldyczny był zresztą w kaplicy bardzo silnie uwydatniony: herby znalazły się ponadto na wejściowej kracie, nagrobku, witrażach, mensie ołtarza. Wstawiennictwo Marii zapewniała kaplicy jej postać na obrazie ołtarzowym. Ołtarz znalazł się na wprost arkady wejściowej, a nagrobek nie mógł być z nim powiązany wspólną osią. Za to najważniejsza pod względem liturgicznym ściana podkreślona też oknami, została zdecydowanie wyróżniona i kultowa funkcja wnętrza wysunęła się na plan pierwszy.
Nagrobek Piotra Tomickiego
Nagrobek Piotra Tomickiego powstał ok. 1531-1533 r. Obramienie architektoniczne nagrobka Tomickiego tworzy pośrodku prostokątną wnękę, w której dolnej części, na wysuniętym ku przodowi sarkofagu, spoczywa postać zmarłego. Postać bpa Tomickiego wykonana z czerwonego marmuru węgierskiego, spoczywa na sarkofagu, który ozdobiono florenckim motywem unoszących się puttów, które podtrzymują herb zmarłego.