Został wybrany biskupem Rzymu w 891 roku, gdy miastem wstrząsały walki o władzę między różnymi stronnictwami. Formozus starał się prowadzić politykę ugodową wobec zwaśnionych stron.
Pontyfikat mały|Jean-Paul Laurens, Papież Formozus i Stefan VI, 1870 W walkach o koronę cesarską między Arnulfem z Karyntii a Lambertem II początkowo był zmuszony popierać tego drugiego, koronując go wraz z ojcem, Gwido III ze Spoleto, w Rawennie w 892 roku. Rok później zwrócił się jednak do Arnulfa z prośbą o interwencję. Po zwycięskiej kampanii, w której Arnulf wkroczył i podbił Rzym w 896 roku, Formozus koronował Arnulfa w lutym 896 roku w bazylice św. Piotra. Jednak plan papieża, mający na celu likwidację władzy księstwa Spoleto, nie mógł dojść do skutku, ponieważ Arnulf został sparaliżowany i musiał się wycofać do Niemiec, natomiast Formozus wkrótce potem zmarł.
Po śmierci Gdy Formozus zmarł, wrogi mu Stefan VI, zostawszy wkrótce potem papieżem, wytoczył mu w styczniu 897 proces, który przeszedł do historii pod nazwą „trupiego synodu”.