11 stycznia 2003 wygrał konkurs PŚ w Libercu. Był to dopiero jego piąty start w zawodach tej rangi. Potem wystartował w Zakopanem, gdzie zajął 7. i 12. pozycję. Do rywalizacji powrócił dopiero w Turnieju Nordyckim. W swoim debiucie na mamuciej skoczni w Planicy zajął dziewiąte i ósme miejsce. W tym samym sezonie wziął udział w mistrzostwach świata juniorów. Triumfował zarówno w konkurencji indywidualnej (wyprzedził Roka Benkoviča i Jana Mazocha) oraz drużynowo wraz z Manuelem Fettnerem, Christophem Stricknerem i Rolandem Müllerem.
Podczas mistrzostw świata w 2003 Morgenstern wystąpił tylko na skoczni K–95. W swoim debiucie w imprezie tej rangi zajął 16. pozycję po skokach na 95,5 i 96,5 m. Podczas Turnieju Nordyckiego 2003 zajął 13. miejsce w Oslo, a w Lahti piąty raz w swojej karierze ukończył rywalizację w czołowej dziesiątce zawodów. W drugim konkursie na fińskiej skoczni zajął 13. miejsce. W klasyfikacji generalnej Turnieju Nordyckiego zajął 9. miejsce.
Sezon 2002/2003 zakończył na 20. pozycji w klasyfikacji generalnej PŚ.