W 1948 siedzibą władz Polskiego Kościoła Starokatolickiego został Wrocław. W tym czasie starokatolicy skupili swoją główną działalność na południu Polski. Byli obecni jednak również w innych regionach. Po przystąpieniu do ich wspólnoty biskupa obrządku wschodniego, Ignacego Wysoczańskiego zorganizowali na Mazurach placówkę misyjną wśród bezpopowców. Podjęte zostały także kroki w celu stworzenia w ramach Kościoła wspólnot zakonnych. W tym celu biskup Zygmunt Szypold utworzył żeńskie zgromadzenie strokatolickich sióstr franciszkanek. Starokatolicy prowadzili dialog międzywyznaniowy z Kościołami za granicą. W 1957 zawarta została unia kościelna Polskiego Kościoła Starokatolickiego z Kościołem Prawosławnym Starego Obrządku w Rumunii. W tym samym czasie zawarto również unię z Kościołem Starokatolickim Węgier.
Po opuszczeniu Polskiego Kościoła Starokatolickiego przez biskupa Zygmunta Szypolda w strukturach organizacyjnych wspólnoty doszło do kryzysu. Koadiutor Ignacy Wysoczański nie otrzymał od władz Polski Ludowej zgody na objęcie zwierzchnictwa. W samym Kościele podważano też ważność jego sakry biskupiej.
Problemy te wykorzystały władze Polskiej Rzeczypospolitej Ludowej.