Złotym Krzyżem Zasługi w 1974 oraz Krzyżem Kawalerskim Orderu Odrodzenia Polski – w 1982.
W ostatnich latach życia, w których napisał trzytomową powieść Obłęd, chorował i okresowo przebywał w szpitalu psychiatrycznym. Powieść ta, osnuta na motywie choroby psychicznej (urojenie prześladowcze), przepełniona jest gorzką refleksją o współczesnym świecie.
Jerzy Krzysztoń zmarł śmiercią samobójczą 16 maja 1982 roku, skacząc o godzinie 14 z okna swego mieszkania na trzecim piętrze przy ulicy Madalińskiego w Warszawie. Pochowany na cmentarzu Powązkowskim w Warszawie (kwatera 75-1-27).
Bohaterem książki Krzyż południa z 1983 roku jest ks. hm Zdzisław Peszkowski (w fabule występuje jako „Jastrzębiec” – herb rodowy księdza).
Twórczość Opowiadania Wspomnienia indyjskie (1949) Opowiadania indyjskie (1953) Sekret i inne opowiadania (1956) Sandżu i Paweł (1959) Złote Gody (1965) Panna radosna (1969) Cyrograf dojrzałości (1975)
Powieści Kamienne niebo (1958) Wielbłąd na stepie (1978) Obłęd (1979) Krzyż Południa (1983) (wydana pośmiertnie)
Scenariusze Źródło: FilmPolski.pl
1967: Cyrograf dojrzałości 1965: Dzień ostatni, dzień pierwszy (Nazajutrz po wojnie) 1959: Kamienne niebo