W 1796 okręt został gruntownie zmodyfikowany poprzez dodanie ciągłej baterii 8-funtowych dział na poszerzonych przejściach burtowych pomiędzy pokładem dziobowym a rufowym, przez co formalnie stał się czteropokładowcem, posiadając cztery ciągłe pokłady działoweZdaniem K. Gerlacha, nie zasługiwał jednak w pełni na miano czteropokładowego okrętu liniowego, gdyż w odróżnieniu od typowych okrętów liniowych, nie posiadał nad najwyższym ciągłym pokładem działowym dodatkowych pokładów dziobowego i rufowego, wyposażonych w działa (pokłady te posłużyły do sztucznego stworzenia czwartego pokładu).. Łącznie zwiększyło to liczbę dział do 140, szybko jednak usunięto kilka z nich do liczby 130-136. W owych czasach był to również okręt wyposażony w największą ilość dział armatnich na świecie. Przyniosło mu to sławę i reputację potężnej jednostki, lecz jego realna siła bojowa wzrosła w niewielkim stopniu, gdyż na sztucznie utworzonym czwartym pokładzie działowym przenoszono jedynie lekkie działa.
Rozmiary „Santísimy Trinidad” w połączeniu z wagą wysoko umieszczonego uzbrojenia, a także mało udanymi linami kadłuba, powodowały, że okręt źle żeglował, był ociężały i mało zwrotny. Dzięki temu faktowi zyskał sobie wśród marynarzy przydomek El Ponderoso.