33 lata później, w 1540 Kościół Świętego Mikołaja stał się świątynią protestancką. W tym czasie większość mieszkańców Skwierzyny była właśnie tego wyznania. W związku z tym starosta międzyrzecki Stanisław Myszkowski przekazał w ich ręce kościół. Stan taki utrzymywał się do 1605, kiedy to biskup poznański Wawrzyniec Goślicki interweniował u starosty międzyrzeckiego Jan Zamojski w sprawie kościoła. Dostojnik kościelny zażądał, aby świątynia powróciła ponownie w posiadanie katolików.
Świątynia wielokrotnie cierpiała z powodu pożarów, które nawiedzały całe miasto (m.in. w 1624 i 1712).
Gruntowna przebudowa budynku nastąpiła w latach 1861–1863. Uzyskał on dzisiejszy kształt. Nowa budowla została konsekrowana 17 maja 1863 przez biskupa pomocniczego poznańskiego Franciszka Stefanowicza.
Po II wojnie światowej Po II wojnie światowej Skwierzyna znalazła się w granicach Polski. Pierwszym polskim proboszczem po 1945 został ojciec Felicjan Gomółczak (bernardyn). Jednak już w listopadzie tego samego roku kościół i całą parafię przejęło Zgromadzenie Księży Misjonarzy (administrują oni kościołem świętego Mikołaja do dziś). Zaraz po wojnie w kościele znalazł się Obraz Matki Boskiej Klewańskiej, przywieziony potajemnie przez polskich ekspatriantów z Klewania na Wołyniu.