Po powrocie do kraju mieszkał w Trybuchowcach, których był właścicielem (1912–1914), krótko we Lwowie (1914) i Zakopanem (1915-1918). Odbył także szereg podróży studialnych po Włoszech, Francji i Szwajcarii. W okresie międzywojennym mieszkał na stałe we Lwowie.
Malował głównie obrazy olejne, czasami także pastele. Ich tematem były sceny rodzajowe, krajobrazy z Podola i okolic Zakopanego. Był także uznanym portrecistą - wykonał ponad dwieście portretów. Swoje obrazy podpisywał inicjałami „F.H.” (głównie pejzaże o małym formacie) i „Horodyski” (na portretach). Prace swoje wystawiał w Monachium, w Zachęcie w Warszawie, we Lwowie, Zakopanem i Krakowie. Do ważniejszych jego prac należą Autoportret (1906), portrety matki, żony, córki, Dawida Abrahamowicza i starca.
Jego dzieła znajdują się m.in. we Lwowskiej Galerii Obrazów. Od 1920 był kawalerem maltańskim. mały|Grób Franciszka Horodyskiego na Cmentarzu Łyczakowskim
Pochowany w grobowcu rodzinnym na Cmentarzu Łyczakowskim we Lwowie.