ramieniu transeptu nie jest osadzony w niszy, co może sugerować jego wcześniejsze obramowanie. Na tympanonie widnieje relief równoramiennego krzyża. Bazy wszystkich kolumn są ozdobione szponami. Portal w płn. ramieniu transeptu ma najprostszą formę prostokątnego ościeża z nadprożem w postaci półkolistego tympanonu otoczonego płaską archiwoltą. Pierwotnie pełnił zapewne rolę porta mortuorum. Otwory okienne uległy poszerzeniu, z wyjątkiem okien w absydach kaplic przyprezbiterialnych i absydach transeptu. Istnieją dodatkowe otwory okienne wybite w różnych okresach. W kościele znajdują się XVII-wieczne marmurowe płyty poświęcone początkom kościoła i pierwszym biskupom. W północny portal ściany wmurowano płytę nagrobną Zofii Oporowskiej (zm. 1500), żony Jana Oporowskiego, starosty kruszwickiego.
W 1945 w absydach transeptu natrafiono na dolne partie pierwotnych ołtarzy murowanych z ciosów.