W latach 1927–1929 piastował na Uniwersytecie Karola urząd rektora.
Niederle był zwolennikiem stosowania nowoczesnych metod badawczych w archeologii, które charakteryzowały się już krytyczno-analitycznym stosunkiem do źródeł pozyskanych informacji. Był najznaczniejszym przedstawicielem szkoły teoretycznej (zwanej też „uniwersytecką”) w czeskiej archeologii, która stała w opozycji do tzw. „szkoły muzealnej” Josefa Ladislava Píčy. Razem ze swoim przyjacielem Karlem Buchtelą poddali krytyce dzieło J. L. Píčy, pdt. Starożytności Ziemi Czeskiej (cz. Starožitností země české, 1899–1909) a alternatywne poglądy na temat prehistorii ziemi czeskich wyrazili w książce Przewodnik po czeskiej archeologii (, 1910), która jest obecnie uważana za kamień węgielny czeskiej archeologii. Niederlego i Píčę łączył emocjonalny stosunek do Czech, głęboki patriotyzm, ale dzieliło ich podejście do źródełJitka Vlčková: Niederle Lubor, w: Kdo byl kdo v našich dějinách do roku 1918 (Praga: Wydawnictwo Libri, 1998, s. 286).. Píč należał do nieszczęsnych obrońców autentyczności sfałszowanych dokumentów prawiących o początkach języka i narodu czeskiego, nazywanych potocznie Rękopisami królowodworskim i zielonogórskim (cz. Růkopisy královedvorský a zelenohorský). Niederle tymczasem podchodził do tych źródeł z właściwym sobie dystansem.