Większość ilustracji do swoich książek i artykułów wykonał osobiście.
Niederle był założycielem i pierwszym kierownikiem Państwowego Instytutu Archeologicznego (cz. Státní ústav archeologický, dzisiejszy ARÚ AV ČR, 1919–1924) oraz Instytutu Słowiańskiego (cz. Slovanský ústav, 1928–1932). W 1891 roku założył i redagował czasopismo Czeski Lud (cz. Český lid). Był również jednym z redaktorów następujących czasopism: Pamiątki archeologiczne (cz. Památky archeologické), Zwiastun Słowiańskich Starożytności (cz. Věstník slovanských starožitností) i Horyzont prehistoryczny (cz. Obzor prehistorický).
Dzieło 1893, 1894 – Lidstvo v době předhistorické se zvláštním zřetelem na země slovanské (Praga; XXXIX + 760 str.). 1896 – Průvodce po Národopisném Museu Českoslovanském (Praga: nakl. rady N. M. Č.). 1903 – Národopisná mapa uherských Slováků na základě sčítání lidu z r. 1900, w: NSČ IX (Praga; 226 str., z 2 mapkami w tekście i 11 mapami załączonymi do publikacji). 1910 – Rukověť české archeologie (Razem z Karlem Buchtelą, Praga;