Sprawa zabudowy otoczenia PKiN Planowane jest zabudowanie otoczenia pałacu. W 2006 Rada Warszawy przyjęła miejscowy plan zagospodarowania przestrzennego otoczenia pałacu, przeprowadzono też konkurs na projekt gmachu Muzeum Sztuki Nowoczesnej przy ulicy Marszałkowskiej. W 2007, po wyborach samorządowych, rozpoczęto opracowywanie nowego planu zagospodarowania, z wyższą zabudową. Nowy plan Rada Warszawy uchwaliła w listopadzie 2010.
Sprawa uznania PKiN za zabytek mały|PKiN od strony północnej – wejście do Pałacu Młodzieży 2 lutego 2007 PKiN został – decyzją Macieja Czeredysa, pełniącego obowiązki wojewódzkiego konserwatora zabytków w Warszawie – wpisany do rejestru zabytków. Postanowienie to wywołało sprzeciw grupy 70 osób ze świata kultury, nauki i mediów, które 30 marca 2007 wystosowały do prezydenta RP protest: „List do prezydenta w sprawie Pałacu Kultury i Nauki w Warszawie” z prośbą o interwencję i spowodowanie cofnięcia decyzji mazowieckiego konserwatora zabytków o uznaniu Pałacu Kultury i Nauki (PKiN) w Warszawie za zabytek. List podpisali, między innymi, Erazm Ciołek, Krzysztof Kąkolewski, Michał Kulenty, Emil Morgiewicz, Barbara Niemiec, Maciej Pawlicki, Jan Pietrzak, Jan Pospieszalski i ks. Tadeusz Isakowicz-Zaleski.