W podszycie wyróżnia się następujące gatunki: bez czarny, trzmielina, dereń świdwa, leszczyna pospolita, kruszyna, czeremcha zwyczajna. W runie występują: ziarnopłon wiosenny, złoć żółta, zawilec żółty, czyściec leśny, kostrzewa olbrzymia, kokorycz pusta, czartawa pospolita, niecierpek pospolity, czosnaczek pospolity, kuklik pospolity, bluszczyk kurdybanek, przytulia czepna, kokorycz pełna, miodunka ćma, czworolist pospolity, kopytnik pospolity i podlegający ochronie gatunkowej czosnek niedźwiedzi (niewielkie stanowisko w drzewostanie dębowym jest prawdopodobnie jedynym stanowiskiem tego gatunku w Krakowie). Na terenie lasu udokumentowano 31 gatunków synantropijnych, wśród nich 5 obcego pochodzenia o charakterze inwazyjnym jak: dąb czerwony, orzech włoski, klon jesionolistny, kasztanowiec pospolity i robinia akacjowa.
W badaniach stwierdzono obecność tylko 11 gatunków grzybów wielkoowocnikowych, wśród których 3 gatunki: boczniak łyżkowaty, twardziak muszlowy i pochwiak jedwabnikowy, to gatunki z Czerwonej Listy.
Pomniki przyrody Na terenie Lasu Mogilskiego znajduje się sześć pomników przyrody (stan na 2020 rok): dwa dęby szypułkowe – obwód pnia w pierśnicy 353 cm i 372 cm, trzy wiązy szypułkowe – obwód 353 cm, 436 cm i 391 cm, jeden jesion wyniosły o obwodzie 254 cm.