Spośród gadów i płazów zaobserwowano tylko 2 gatunki: zaskrońca i żabę trawną. Bezkręgowce reprezentują: trzmiel kamiennik, trzmiel rudy, trzmiel ziemny, trzmiel łąkowy, biegacz skórzasty, biegacz gładki, biegacz Ulrichiego. W lesie występuje także ok. 115 gatunków muchówek, w tym ponad 40 saproksylicznych (czyli związanych z rozkładem drewna obumierających drzew lub ich części).
Cennymi gatunkami są także: pachnica dębowa (gatunek objęty ochroną ścisłą, wyszczególniony jako priorytetowy w Załączniku II Dyrektywy Siedliskowej UE), kwietnica okazała i tęgosz rdzawy (gatunki chronione).
Zagrożenia i działania przeciwdziałające degradacji środowiska Las Mogilski od lat zmaga się z holenderską chorobą wiązów (zwaną też grafiozą), która atakuje nawet stuletnie drzewa. Jest to choroba wywołana przez grzyby Ophiostoma ulmi, przenoszona przez chrząszcze: ogłodka wiązowca i ogłodka wielorzędowego, oba występujące w Lesie Mogilskim. U porażonych drzew więdną i usychają liście oraz całe gałęzie. Młode drzewa obumierają już w ciągu roku, starsze w ciągu kilku lub kilkunastu lat. Leśnicy z Zarządu Zieleni Miejskiej, którzy opiekują się terenem podejmują różne działania ratujące drzewa. Od 2016 roku każdej wiosny zbierane są nasiona z najokazalszych drzew i wysiewane w szkółce leśnej.