Pomimo to, ze względu na szczupłość źródeł, na których jest oparta, pozostaje ona kontrowersyjna, tak samo zresztą jak jego utożsamienie władców Turków walczących z Samanidami w latach 840 i 893 z pierwszymi Karachanidami. Wasilij Bartold i Władimir Minorski sugerowali, iż Karachanidzi wywodzili się z Jagma, jednego z trzech plemion wchodzących w skład federacji Karłuków. Kilku uczonych chińskich i japońskich, bazując przede wszystkim na źródłach chińskich, faworyzowało hipotezę o pochodzeniu Karachanidów od Ujgurów.
Pierwszym niewątpliwym Karachanidą był Satuk Bughra-chan (zm. 955), którego znamy właściwie wyłącznie z tradycji dotyczących jego nawrócenia na islam. Miał on przyjąć nową religię pod wpływem fakiha z Buchary, stolicy Samanidów, a następnie uzyskać fatwę pozwalającą mu na zabicie jego nadal pogańskiego ojca, czego dokonał zdobywając na czele ghazich z Fergany jego stolicę, Kaszgar. Masowe przejście na islam zamieszkujących region tureckich plemion dokonało się wkrótce po śmierci Satuka – jak zostało to odnotowane przez różnych muzułmańskich autorów (m.in. Ibn al-Asira i Miskawajha), w 960 miało się nawrócić „dwieście tysięcy namiotów Turków”. Ostateczne ukonstytuowanie się dynastii Karachanidów było zatem nierozerwalnie związane z islamizacją plemion tureckich zamieszkujących Turkiestan.