Park Narodowy Synagogi Bet Alfa zajmuje obszar położony bezpośrednio wokół ruin starożytnej synagogi. Dla ich ochrony wzniesiono klimatyzowany budynek, osłaniający zabytkową mozaikę przed wpływem warunków atmosferycznych. Badania archeologiczne wskazują, że synagoga była dwupiętrowym budynkiem z wewnętrznym dziedzińcem. Budynek posiadał wymiary 27,7 metra długości i 14,2 metra szerokości. Synagoga nie była idealnie symetryczna. Wnętrze dzieliło się na atrium, przedsionek i główną salę modlitewną. Wejście z dziedzińca oraz korytarz przedsionka są wyłożone geometryczną mozaiką. Jednak najpiękniejsza mozaika znajduje się w dawnej głównej sali modlitewnej.
Sala modlitewna posiada wymiary 11,9 metra długości i 9,65 metra szerokości. Wnętrze było podzielone na trzy nawy przez dwa rzędy liczące każda po pięć kolumn. W tej sali znajdowała się apsyda, w której zapewne był Aron ha-kodesz. Cała podłoga jest ozdobiona dużą mozaiką, która dzieli się na trzy części, każda przedstawiająca inny temat: górna zachodnia część (położona przy apsydzie) przedstawia Arkę Przymierza, po której obu stronach umieszczono siedmioramienne menory.