Od stycznia 1944 roku statek służył jako jednostka transportowa i ewakuacyjna, którą przez Morze Bałtyckie w kierunku zachodnim uciekali z ziem wschodnich niemieccy żołnierze, ludność cywilna oraz hitlerowscy dygnitarze. 29 października 1944 roku SS „Bremerhaven” w konwoju z okrętami eskortującymi wypłynął z Windawy do Gdyni, mając na pokładzie 3270 osób (1515 rannych i 156 zdrowych żołnierzy, 200 esesmanów, 511 członków Organizacji Todta oraz 680 cywilów). 30 października 1944 roku o godzinie 9:32 konwój został zaatakowany przez pięć radzieckich samolotów szturmowych Ił-2. Mimo obrony SS, „Bremerhaven” został trafiony dwiema bombami w luk rufowej ładowni, po czym stanął w ogniu. Mimo prób gaszenia nie dało się opanować pożaru. Z płonącego pokładu SS „Bremerhaven” udało się uratować około 2795 osób, które dopłynęły do miejsca docelowego na statkach wezwanych na pomoc.