Brandenburg-Görden było regionalnym ośrodkiem akcji, jednym z sześciu na terenie Rzeszy. W tym okresie miał miejsce gwałtowny wzrost zgonów w tej instytucji: z czterech w 1938 roku do łącznej liczby 1260 w latach 1939–1945. Uważa się, że większość z 700 przebadanych przez Hallervordena preparatów anatomicznych mózgów pochodziło z ofiar nazistowskiego programu eutanazji; Hallervorden był prawdopodobnie obecny przy egzekucji sześćdziesięciorga dzieci i nastolatków tlenkiem węgla 28 października 1940 rokuMüller-Hill B. Tödlichen Wissenschaft. Reinbeck bei Hamburg: Rowohlt Taschenbuch Verlag GmbH, 1984: Tłum. ang. GR Fraser: Murderous Science. Oxford: Oxford University Press, 1988. Reprint, New York: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1998. s. 21, cytat za .
Do uczniów Hallervordena zaliczali się Diezel, Eicke, Kruecke, Noetzel, Seitelberger i WilkeKolle K. Genealogie der Nervenärzte des deutschen Sprachgebiete. Fortschritte der Neurologie, Psychiatrie, und ihrer Grenzgebiete 32:512-538, 1964.
Ocena działalności W Niemczech do lat 90. głosów krytycznych wobec postawy Hallervordena nie było. Po śmierci neurologa w czasopismach medycznych opublikowano nekrologi i artykuły wspomnieniowe, pomijające ten aspekt życia neurologa.