Morus nie brał udziału w procesie kanonicznym, gdyż w 1529 roku król skierował jego i Tunstalla na negocjacje pokojowe w Cambrai. 25 października 1529 roku odebrał od Henryka VIII Wielką Pieczęć, a następnego dnia objął urząd Lorda kanclerza. Wkrótce potem podpisał akt oskarżenia przeciwko swojego poprzednikowi – kardynałowi Wolseyowi, jednak król odrzucił wniosek. wiosną 1524 roku wszedł w skład komisji (razem z Cuthbertem Tunstallem i Williamem Warhamem), która krytykuje postulaty protestantyzmu. Jednocześnie król zawierał tajne porozumienia ze stronnikami Lutra. More, jako kanclerz, miał dosyć tolerancyjne podejście do innowierców, a za jego kadencji odbyły się tylko cztery egzekucje.
Latem 1530 roku na tapet wróciła sprawa nieważności małżeństwa Henryka z Katarzyną. Idąc za radą Thomasa Cranmera, król uzyskał korzystne dla siebie opinie kilku renomowanych uniwersytetów i wysłał petycję do Klemensa VII. Lord kanclerz nie podpisał dokumentu, gdyż był przeciwny stwierdzeniu nieważności małżeństwa, a także nie chciał publicznie zabierać w tej sprawie głosu. Po odmownej odpowiedzi papieża, Henryk przygotował pierwszą część schizmy angielskiej, kiedy to nakazał biskupom angielskim podpisać akt posłuszeństwa i tytułować się „Najwyższą Głową Kościoła o tyle, o ile pozwala na to prawo Chrystusowe”.