W 1947 roku powszechne głosowanie w sprawie przyłączenia Sikkim do Indii, które dopiero co uzyskały niepodległość, zakończyło się fiaskiem, a Jawaharlal Nehru, ówczesny premier Indii, zgodził się na nadanie stanowi Sikkim statusu protektoratu indyjskiego. Mieszkańcy Sikkim zgodzili się być narodem zależnym, a wojskom indyjskim pozwolili na obsadzenie granic, w tym przełęczy Nathu La. W tym okresie ponad 1000 mułów i 700 ludzi zaangażowanych było w handel graniczny przez Nathu La. W 1949 roku, kiedy tybetański rząd wydalił mieszkających tam obywateli Chińskiej Republiki Ludowej, większość z nich powróciła do rodzinnych stron drogą prowadzącą przez Nathu La, Sikkim i Kalkutę.
Ze względu na brak możliwości podróżowania pociągiem bądź samolotem, w latach 50. XX wieku przełęcz Nathu La została wykorzystana przez kilku dostojników w celu przekroczenia granicy chińsko-indyjskiej pomiędzy Tybetem a Sikkim. Dalajlama XIV (Tenzin Gyatso) użył przełęczy, aby odbyć podróż do Indii, gdzie w listopadzie 1956 oraz lutym 1957 odbyły się uroczystości związane z 2500. urodzinami Buddy Siakjamuni.