Geografia thumb|Geografia regionu Przełęcz znajduje się w odległości 54 kilometrów (34 mil) na wschód od stolicy stanu Sikkim, Gangtok oraz w odległości 430 kilometrów (270 mil) od stolicy Tybetu, Lhasy. Nathu La znajduje się na terenie jednej z największych dróg handlowych na świecie, zwanej jedwabnym szlakiem. Zimą na terenie przełęczy występują duże opady śniegu, co utrudnia komunikację z innymi regionami. Ponieważ w Nathu La nie ma stacji meteorologicznej, systematyczne pomiary opadów atmosferycznych oraz temperatury nie są prowadzone. Mimo to wiadomo, że na pobliskich, wyższych szczytach Himalajów temperatura w lecie wynosi około 15 °C.
Nathu La ma dość płytką, nadmiernie odwadnianą, gruboziarnistą i ilastą glebę na stromych stokach (30–50%) ze żwirowo-iłową powierzchnią ze średnią ilością skał. Występuje umiarkowana erozja. W kilku miejscach istnieją osuwiska podatne na zsuwanie się ziemi. W celu ochrony delikatnego otoczenia Nathu La po indyjskiej stronie, rząd Indii reguluje ilość odwiedzających to miejsce turystów. Utrzymanie drogi jest powierzone Border Roads Organisation – części indyjskiej armii.